La carrera de Begoña Gómez en la Universidad Complutense de Madrid (UCM) ha sido objeto de polémica desde que Pedro Sánchez asumió la Secretaría General del PSOE en 2015, según muestran documentos de la hemeroteca, respuestas de la Complutense mediante Transparencia y fuentes al diario Vozpópuli. La relación entre Gómez y la UCM fue cuestionada en la Asamblea de Madrid, donde Gómez defendió su trayectoria con estas palabras: «Desde hace 25 años trabajo en consultoría y docencia. Hace 12 años inicié una colaboración con la Universidad Complutense como codirectora de un máster en proyectos sociales y sostenibilidad». Sin embargo, después de esta introducción, optó por acogerse a su derecho a no declarar.
El relato de Gómez, junto con el respaldo de la Complutense y del IE desde 2018, sostiene que su papel en la UCM comenzó hace más de una década. Pero fue el 8 de agosto de 2018 cuando el Instituto de Empresa (IE) generó controversia al anunciar la incorporación de Gómez como directora del Africa Center, poco después de que Sánchez llegara a La Moncloa al mando del PSOE. En el comunicado, el IE la presentó como codirectora del Máster de Fundraising de la UCM desde 2015, lo cual contrasta con la afirmación de Gómez de que comenzó esta labor en 2012.
Este punto genera dudas sobre el inicio real de su vinculación con la UCM, pues no existe evidencia digital de su relación con el máster antes de junio de 2015. En respuestas posteriores del área de Transparencia de la Complutense, se aclara que Gómez fue codirectora de estudios de Formación Continua de Técnico de Fundraising en los cursos 2012/13 y 2013/14, programas que no se correspondían con el máster mencionado en el comunicado del IE. El Máster de Fundraising probablemente comenzó en 2014, periodo en el cual Gómez trabajaba en Task Force (hoy Inmark), dedicada a la captación de fondos.
Además, la conexión de Gómez con la Complutense tuvo lugar bajo el rectorado de Carlos Andradas, no el actual rector Joaquín Goyache, ambos también señalados en estas polémicas. Fue en junio de 2015, apenas Andradas asumió como rector, cuando Gómez dio el primer paso en su carrera en la UCM, un avance que precede a la creación de la Cátedra de Transformación Social Competitiva (TSC), una de las áreas más cuestionadas en su vínculo con la universidad.