El Departamento de Seguridad Nacional emitió una advertencia a las 8.00 de la mañana del martes 29 de agosto, casi doce horas antes de que las intensas lluvias provocadas por la DANA comenzaran a causar inundaciones. Según la información proporcionada por la Agencia Estatal de Meteorología (Aemet) y la Dirección General de Protección Civil, se preveían precipitaciones fuertes, tormentas y ráfagas de viento, especialmente en el sur y este de la península. Esta advertencia se publicó en la web del departamento como una alerta inmediata y se basaba exclusivamente en los informes de esas dos instituciones gubernamentales, según adelanta el Abc.
El Departamento de Seguridad Nacional tiene como función asesorar al presidente del Gobierno, Pedro Sánchez, en temas de seguridad y le envía informes diarios para facilitar la toma de decisiones. Gracias a esta información, en la Presidencia del Gobierno ya se estaba al tanto de la amenaza de la DANA desde primera hora de la mañana del día 29.
Ya en la noche del martes, y con los efectos devastadores del temporal comenzando a hacerse visibles, el Gobierno convocó un comité de crisis. A la reunión asistieron la vicepresidenta primera, María Jesús Montero, y los ministros de Presidencia, Justicia y Relaciones con las Cortes, Félix Bolaños; Defensa, Margarita Robles; y del Interior, Fernando Grande-Marlaska. También participó la vicepresidenta y ministra para la Transición Ecológica, Teresa Ribera, junto con la delegada del Gobierno en Valencia, Pilar Bernabé, ambas mediante videoconferencia. Sánchez, que se encontraba de viaje en India, no pudo asistir, pero a su regreso presidió una segunda reunión del comité.
Durante el encuentro, que se prolongó hasta bien entrada la noche, el comité de crisis se comunicó con los presidentes de las regiones afectadas –Valencia, Castilla-La Mancha, Murcia y Andalucía– así como con los delegados del Gobierno en estas zonas. Según la Secretaría de Estado de Comunicación, el Gobierno ofreció «todos los efectivos necesarios» de la UME, Policía Nacional, Protección Civil y Guardia Civil para apoyar en las labores de emergencia y asistencia.
Al día siguiente, Pedro Sánchez regresó a España y convocó nuevamente al comité de crisis. En una declaración institucional, aseguró que la «prioridad absoluta» del Gobierno era ayudar a los afectados y que «todos los recursos necesarios» estarían a disposición de las comunidades autónomas afectadas hasta que se restableciera la normalidad. Sin embargo, a pesar de las promesas de apoyo, en los días siguientes las críticas aumentaron por la aparente falta de ayuda suficiente, generando frustración en las áreas afectadas.
Tres días después, en respuesta a las quejas de las autoridades y ciudadanos en Valencia, Sánchez defendió la actuación del Gobierno y afirmó que si la Comunidad Valenciana necesitaba más recursos, «lo que tiene que hacer es pedirlo y se le suministrará». En su declaración, añadió que «no es necesario priorizar unos municipios sobre otros» y subrayó que no faltaban medios, sino que todo estaba disponible según los requerimientos de cada región.