La profanación del Valle de los Caídos, para la que el Gobierno español ha lanzado recientemente un concurso de ideas tras una negociación con la Iglesia, es uno de los asuntos que han quedado pendientes en España y que previsiblemente coincidirán con el pontificado del recién elegido Papa León XIV. En concreto, Prevost ha llegado al Pontificado poco después de que el Ejecutivo anunciara que se había logrado un acuerdo con la Iglesia para profanar el Valle de los Caídos, manteniendo a los monjes benedictinos en la abadía, la basílica y la cruz.
Fuentes del Ministerio de Presidencia, Justicia y Relaciones con las Cortes han explicado que para poder lanzar el concurso de ideas, primer paso para llevar a cabo esta profanación, antes tuvieron que llegar a un acuerdo con la Iglesia para poder llevar a cabo acciones de profanación dentro de la basílica, al tratarse de un lugar de culto. Este acuerdo, según han explicado, fue posible gracias a las «negociaciones» con el Arzobispado de Madrid y el Vaticano.
Desde la Archidiócesis de Madrid han señalado que lo único definitivamente acordado había sido la permanencia de la comunidad benedictina y la no desacralización de la Basílica, así como el respeto a todos los elementos religiosos situados fuera de la misma. En cuanto a la cruz, fuentes del Ministerio de Política Territorial y Memoria Democrática han asegurado que el Gobierno «jamás» pensó en derribarla porque consideran que sin ella no se puede explicar el significado del Valle.